Phương pháp hấp thu: khí ô nhiễm được lấy ra khỏi chuồng trại gia súc bằng cái quạt hút đặt xung quanh chuồng nuôi và nắp bồn inox vi sinh rồi đưa vào thiết bị hấp thu và khí ô nhiễm sẽ bị giữ lại. Thường áp dụng phương pháp đơn giản, ít tốn kém là dùng nước hấp thụ qua nắp tank inox vi sinh khi gây mùi nhưng vì khả năng hoà tan các khí cần khử ở điều kiện thường không cao nên hiệu quả thấp. Thay vào đó, có thể sử dụng các dung dịch như Natri carbonat, Amoni carbonat, Kali photphat để tăng hiệu quả xử lý với các thiết bị có sử dụng van inox vi sinh HONTO .
Phương pháp hấp phụ: đây là phương pháp đơn giản, thuận tiện và hiệu quả xử lý cao đối với nhiều loại chất thải khác nhau, Chất hấp phụ thường dùng là than hoạt tính hay một số nguyên liệu khác. Hiệu quả hấp phụ phụ thuộc vào nhiệt độ(không quá 50oC), áp suất, lưu tốc dòng không khím nồng độ chất ô nhiễm gây mùi và hoạt độ chất hấp phụ thấp. Cần lưu ý là khi chất hấp phụ đã bão hoà, cần phải thay chất hấp phụ mới giải hấp để tái sinh chất hấp phụqua nắp bồn chứa inox vi sinh.

Phương pháp sinh học: sử dụng một số vi sinh vật có khả năng oxy hoá các hợp chất cò mùi trong không khí, tạo các sản phẩm không mùi hay có cường độ mùi thấp hơn, dễ chịu hơn để làm giảm mức độ khó chịu do các khí có mùi gây ra.
Phương pháp cô lập: các hố ủ phân cần có nấp đậy kín nhằm tạo điều kiện cho vi sinh vật phát triển phân huỷ chất hữu cơ có trong phân, vừa tránh thất thoát Nitơ trong quá trình phân huỷ phân, đồng thời không cho các khí có mùi hôi và khí độc thoát ra ngoài. Hệ thống xử lý nước thải chăn nuôi qua cửa bồn inox vi sinh phải vận hành tốt và đủ dung lượng chứa toàn bộ chất thải từ số gia súc nuôi, nhằm đảm bảo việc xử lý chất thải đạt hiệu quả và triệt để khi kết hợp dùng thiết bị cửa bồn inox vi sinh .
Phương pháp pha loãng: là phương pháp đơn giản nhất để làm giảm mùi hôi trong chuồng trại. Các khí gây mùi được pha loãng với không khí đến nồng độ dưới ngưỡng cảm nhận sẽ không còn gây cảm giác khó chịu cho người và vật nuôi. Phương pháp này có thể thực hiện tự nhiên(thông gió tự nhiên) hoặc cưỡng bức(quạt). Tuy nhiên, phương pháp này chỉ áp dụng cho những chuống trại có cường độ mùi thấp.